首先是學(xué)生上學(xué)路程普遍變遠。一些非寄宿學(xué)生在村里學(xué)校撤并后要起早上學(xué)，個別的甚至來回要走兩三個小時。

其次是學(xué)生上學(xué)交通安全隱患增多。學(xué)校撤并后很多學(xué)生需要乘坐交通工具上學(xué)，由于農(nóng)村道路條件較差，車況良莠不齊，交通狀況復(fù)雜，學(xué)生上學(xué)途中的安全難以切實得到保障。

還有一個問題是寄宿制學(xué)校辦學(xué)條件保障不到位。由于撤并學(xué)校過快，農(nóng)村寄宿生大量增加，一些地方寄宿制學(xué)校辦學(xué)條件保障跟不上，生活管理人員缺乏，不少寄宿制學(xué)校床鋪緊張、食堂簡陋、廁位不足、冬季取暖和夏季防暑條件得不到保障。

另外，并入學(xué)校大班額問題突出。一些地區(qū)在并入學(xué)校辦學(xué)條件難以滿足的情況下，盲目撤并學(xué)校，致使并入學(xué)校大班額問題突出，教學(xué)資源嚴重不足，教育教學(xué)質(zhì)量難以保證。

此外，部分群眾經(jīng)濟負擔(dān)加大。村小或教學(xué)點撤并后，學(xué)生需要乘坐交通工具上學(xué)，增加了交通費用。寄宿生還要承擔(dān)部分或全部伙食費。有的家長在縣鎮(zhèn)陪讀，另需支付房租等生活費用。