2011年4月底，穆爾西從穆兄會指導局辭職，負責組建自由與正義黨并擔任黨主席。一年后，他成為穆兄會的唯一候選人。伴著“復興，人民的意愿”與“團結就是我們的力量”的競選口號，以及“反對獨裁、爭取民主、改善民生、懲治腐敗”的政策宣傳，穆爾西獲得了廣大下層百姓的支持。

雖被認為缺乏人格魅力，但穆爾西具有改革魄力。并且由于他的穆兄會背景，上臺后將施行更多的伊斯蘭法律，所以贏得了宗教勢力選民的支持。此外，還有一部分埃及“革命”的主力軍系穆兄會的主要支持者。

同時，穆爾西還主動接近第一輪投票中遭淘汰的候選人，許諾給予副總統(tǒng)甚至總理等職位，以爭取他們的支持。另外，穆爾西還向自由派選民以及科普特人保證，上臺后不會對他們實施伊斯蘭教法。