王金南說，征收環(huán)境稅對燃煤發(fā)電、鋼鐵、有色金屬、建材等行業(yè)的稅負可能相對較重，其產業(yè)的競爭力受到一定影響；在一定程度上將使工業(yè)制成品、能源、原材料價格上升，也會影響到消費品價格。

中國石油化學工業(yè)聯合會環(huán)保部門相關負責人接受記者采訪時稱，環(huán)境稅征收最好不要“一刀切”，應針對污染物的污染程度、治理難度確定不同的稅率；為了減少石化產業(yè)經營壓力，尤其是緩解煉油企業(yè)虧損問題，建議未來在加征環(huán)境稅的同時，減征增值稅。

圍繞企業(yè)稅負，由全國人大、全國政協(xié)、國務院等下屬17個部門參與的《中國環(huán)境宏觀戰(zhàn)略研究》叢書提出，就窄口徑的環(huán)境稅而言，環(huán)境稅的稅收優(yōu)惠政策設計“將督促納稅人將一部分返還資金專門用于削減污染物排放量”。

但一些環(huán)保專家對此提出質疑，過去排污費返還給排污企業(yè)時，是在企業(yè)采取防治污染措施后，而非在措施達到排污標準的效果后，因此一些企業(yè)并沒有將返還金“用在刀刃上”。